Retų reumatinių ligų KC nuolatos vyksta tobulinamasis ir mokslinis darbas retų reumatinių ligų temomis. Svarbiausios Retų reumatinių ligų KC vykdomos mokslinių tyrinėjimų temos: vaskulitai, sisteminė sklerozė, sisteminės jungiamojo audinio ligos, komplikuotos plautine hipertenzija, paraneoplaziniai miozitai, autoimuniniai artritai ir kt.