Kol dar neįsibėgėjo Vyriausybės patvirtintas ilgalaikės SARS-CoV-2 viruso genominės stebėsenos projektas, Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos kartu su „Thermo Fisher Scientific Baltics“ Pažangių technologijų grupės mokslininku dr. Justinu Šliku ir tarptautiniais ekspertais dr. Gyčiu Dudu bei dr. Ingrida Olendraite atliko 1000 SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą iš mėginių, surinktų gruodžio ir sausio mėnesiais Lietuvoje.
Kam pasitarnauja sekoskaita?
Sekoskaita – tai viruso arba kokio nors organizmo genetinio kodo (DNR arba RNR) nuskaitymas, t. y. nustatymas, kokios raidės (nukleotidai) ir kokia tvarka sudaro organizmo genomą.
„Džiaugiamės, kad biotechnologijų lyderis „Thermo Fisher Scientific Baltics“ prisideda prie taikomojo mokslo Lietuvoje ir kartu su VUL Santaros klinikų specialistais atlieka šaliai svarbius viruso genomo tyrimus. Pandemija parodė, kad Lietuvoje turime daug aukšto lygio ekspertų, o medicinos ir biotechnologijos sinergija duoda greitus ir kokybiškus rezultatus, “– įsitikinęs Santaros klinikų Biobanko vadovas, vyresnysis medicinos biologas Daniel Naumovas.
Per paskutinį dešimtmetį infekcijų sukėlėjų genomų sekoskaita tapo neatsiejama kovos su užkrečiamomis ligomis dalimi, padedančia nustatyti, suprasti ir kontroliuoti infekcinių ligų protrūkius. Infekcijų sukėlėjų genetinių pokyčių stebėsena suteikia daug vertingos informacijos valstybei svarbių sprendimų priėmėjams. Todėl beveik realiu laiku atliekama duomenų analizė turi tiesioginės įtakos visuomenės sveikatai ir gyvenimui.
Genomo sekoskaita jau dabar turėjo labai svarbios reikšmės valdant COVID-19 pandemiją. Ji padėjo:
• nustatyti, kad SARS-CoV-2 yra COVID-19 ligos priežastis;
• pradėti diegti naujus diagnostikos metodus;
• vystyti naujus gydymo metodus ir kurti vakcinas;
• nustatyti datą, kada virusas pirmą kartą pateko į žmogaus organizmą bei nustatyti viruso kilmę;
• atskirti užsitęsusią ligą nuo pakartotinio užsikrėtimo;
• ankstyvose epidemijos stadijose atskirti vietinį ligos plitimą nuo daugelio įvežtinių atvejų;
• aptikti naujas atmainas su pasikeitusiomis savybėmis;
• atpažinti virusų srautus – tarp šeimininkų, tarp geografinių vietų.
Kas matyti iš naujausių sekoskaitos duomenų?
Virusų tyrinėtojas Gytis Dudas, norėdamas apibūdinti Lietuvoje (Vilniuje) dominuojančias viruso atmainas, sako kad šiuo metu nustatomos dvi pagrindinės: B.1.1.280 (lietuviškoji) ir B.1.177 (ispaniškoji, tiksliau – pastarosios „sulietuvėjusi" versija).
„Mano nuomone, toks ribotas dominuojančių atmainų paveikslas nėra pats blogiausias variantas, nes jis rodo, kad papildomoms į mūsų šalį pakliūvančioms atmainoms kol kas nesisekė paplisti plačiau, kitaip turėtume dar didesnę atmainų mozaiką,“ – komentuoja G. Dudas.
Pasak Daniel Naumovo, Lietuvoje dominuojančios B.1.1.280 ir B.1.177.LTU atmainos nėra labai ypatingos – tai reiškia, kad jos susirūpinimą keliančių mutacijų neturi, ko nepasakytum apie angliškąją, braziliškąją ar Pietų Afrikos Respublikos.
Kas kelia didžiausią nerimą?
G. Dudas atkreipia dėmesį į filogenetinį SARS-CoV-2 genomų medį. „Pažiūrėjus į filogenetinį SARS-CoV-2 genomų medį, galima pastebėti vieną mažą ir kol kas vienintelį šiuo metu žinomą B.1.1.7 genomą iš Lietuvos (žr. grafike raudonai apvestą taškelį). Esame tokioje situacijoje, kur nebereikia statistinių analizių, nes tas pats paveikslas kas savaitę atsiveria ten, kur aptinkama B.1.1.7 – greitas visų prieš tai cirkuliavusių atmainų pakeitimas šia. Tą matėme Jungtinėje Karalystėje, Danijoje, o dabar pastebime visur. Šiuo metu Europoje ~35 proc. COVID-19 atvejų šalyse, vykdančiose sekoskaitą, priklauso šiai atmainai, tad būtų naivu tikėtis, kad to nepamatysime Lietuvoje. Mažiausiai, ką galime padaryti, tai būti pasiruošę“, – mano mokslininkas.
Santaros klinikos mato didžiulį poreikį stebėti epidemiologinę situaciją, todėl ir toliau tęsia SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą.
